COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 2.260976 3.443313 3.467535
2021-06-14 17:00:00 3.780900 3.780900 3.540732
2021-06-13 17:00:00 3.425164 3.425164 3.581694
2021-06-12 17:00:00 3.148297 3.148297 3.600949
2021-06-11 17:00:00 3.461461 3.461461 3.646575
2021-06-10 17:00:00 3.650891 3.650891 3.751966
2021-06-09 17:00:00 3.573460 3.573460 3.824356

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 2.401372 2.401372 2.432492
2021-06-14 17:00:00 2.127660 0.503018 2.429712
2021-06-13 17:00:00 1.408451 1.408451 2.547654
2021-06-12 17:00:00 2.172285 2.859961 2.664891
2021-06-11 17:00:00 2.994652 2.994652 2.801158
2021-06-10 17:00:00 3.470320 3.470320 2.932186
2021-06-09 17:00:00 5.020921 5.020921 3.146816

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 9.090909 9.090909 9.234951
2021-06-14 17:00:00 1.162791 8.536585 9.288687
2021-06-13 17:00:00 14.673913 8.490566 9.338703
2021-06-12 17:00:00 3.768116 8.985507 9.363551
2021-06-11 17:00:00 15.805471 9.422492 9.654879
2021-06-10 17:00:00 9.326425 10.975610 9.359992
2021-06-09 17:00:00 8.933718 8.933718 9.380695

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.580247 1.580247 3.398417
2021-06-14 17:00:00 2.163462 0.888889 3.464570
2021-06-13 17:00:00 4.989605 4.989605 3.705524
2021-06-12 17:00:00 3.857281 3.857281 3.768305
2021-06-11 17:00:00 5.747126 5.747126 4.012215
2021-06-10 17:00:00 3.945372 3.945372 4.256987
2021-06-09 17:00:00 4.759916 4.759916 4.446978

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 18.085106 18.085106 3.889162
2021-06-14 17:00:00 19.512195 19.512195 3.920135
2021-06-13 17:00:00 3.667665 3.667665 3.851539
2021-06-12 17:00:00 3.063565 3.063565 3.778373
2021-06-11 17:00:00 3.236825 3.236825 3.806217
2021-06-10 17:00:00 3.219347 3.219347 3.839019
2021-06-09 17:00:00 3.147967 3.147967 3.922143

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 2.323330 5.566312 8.008745
2021-06-14 17:00:00 17.838542 17.838542 8.260613
2021-06-13 17:00:00 10.049020 10.049020 8.274900
2021-06-12 17:00:00 6.885246 6.885246 8.221149
2021-06-11 17:00:00 9.229748 9.229748 8.260439
2021-06-10 17:00:00 8.006626 8.006626 8.487995
2021-06-09 17:00:00 5.176584 5.176584 8.415075

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.096892 1.096892 1.934034
2021-06-14 17:00:00 1.049869 0.365631 2.013493
2021-06-13 17:00:00 1.222222 1.222222 2.039760
2021-06-12 17:00:00 2.616279 2.616279 2.107487
2021-06-11 17:00:00 2.035398 2.035398 2.137278
2021-06-10 17:00:00 3.984820 3.984820 2.089809
2021-06-09 17:00:00 1.855976 1.855976 2.101193

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 2.957393 2.957393 3.643883
2021-06-14 17:00:00 5.167598 2.945078 3.748375
2021-06-13 17:00:00 4.124716 4.124716 3.666905
2021-06-12 17:00:00 4.539164 4.539164 3.555083
2021-06-11 17:00:00 4.483948 4.483948 3.461762
2021-06-10 17:00:00 4.864594 4.864594 3.423955
2021-06-09 17:00:00 4.272076 4.272076 3.317953

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 0.601504 0.601504 1.033905
2021-06-14 17:00:00 0.768049 0.375940 1.060028
2021-06-13 17:00:00 1.351351 0.777907 1.184398
2021-06-12 17:00:00 1.528384 1.528384 1.251516
2021-06-11 17:00:00 0.805802 0.805802 1.297762
2021-06-10 17:00:00 1.995723 1.995723 1.379905
2021-06-09 17:00:00 1.228501 1.228501 1.499276

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.528769 1.528769 1.947560
2021-06-14 17:00:00 1.560588 0.856783 1.939930
2021-06-13 17:00:00 2.240823 2.240823 2.021241
2021-06-12 17:00:00 1.933869 1.933869 2.119634
2021-06-11 17:00:00 2.093348 2.093348 2.217708
2021-06-10 17:00:00 2.950792 2.950792 2.272420
2021-06-09 17:00:00 2.318048 2.318048 2.392099

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.437556 1.437556 2.746463
2021-06-14 17:00:00 1.094891 0.269542 2.775904
2021-06-13 17:00:00 3.163950 3.163950 3.025505
2021-06-12 17:00:00 3.177570 3.177570 3.311421
2021-06-11 17:00:00 3.420843 3.420843 3.554156
2021-06-10 17:00:00 3.365033 3.365033 3.633225
2021-06-09 17:00:00 5.338542 5.338542 3.950524

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 2.673797 1.069519 0.946992
2021-06-14 17:00:00 2.721088 1.149425 0.963367
2021-06-13 17:00:00 0.649351 0.649351 0.972358
2021-06-12 17:00:00 1.149425 1.149425 0.961095
2021-06-11 17:00:00 0.247525 0.247525 0.941589
2021-06-10 17:00:00 1.188119 1.188119 0.955205
2021-06-09 17:00:00 0.635593 0.635593 0.963654

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.415094 1.415094 2.786744
2021-06-14 17:00:00 0.000000 0.000000 2.875200
2021-06-13 17:00:00 18.604651 1.545894 3.225168
2021-06-12 17:00:00 2.780049 6.284658 3.474941
2021-06-11 17:00:00 2.202643 2.202643 3.570970
2021-06-10 17:00:00 4.810997 4.810997 3.825827
2021-06-09 17:00:00 3.881701 3.881701 4.006831

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.258993 1.258993 2.060190
2021-06-14 17:00:00 1.869159 0.312500 2.145960
2021-06-13 17:00:00 2.222222 2.222222 2.239623
2021-06-12 17:00:00 1.345291 1.345291 2.355160
2021-06-11 17:00:00 3.498542 3.498542 2.429648
2021-06-10 17:00:00 2.089552 2.089552 2.580449
2021-06-09 17:00:00 4.214559 4.214559 2.689164

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.374633 1.374633 2.219137
2021-06-14 17:00:00 3.063380 3.063380 2.247863
2021-06-13 17:00:00 1.966011 1.966011 2.307155
2021-06-12 17:00:00 1.648654 1.648654 2.419825
2021-06-11 17:00:00 2.552157 2.552157 2.541127
2021-06-10 17:00:00 2.990613 2.990613 2.698239
2021-06-09 17:00:00 3.010989 3.010989 2.829417

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 7.777266 7.777266 7.233906
2021-06-14 17:00:00 2.718334 2.718334 7.306326
2021-06-13 17:00:00 11.496063 11.496063 7.546472
2021-06-12 17:00:00 10.937500 10.937500 7.609095
2021-06-11 17:00:00 7.808143 7.808143 7.552926
2021-06-10 17:00:00 4.963680 4.963680 7.749614
2021-06-09 17:00:00 15.188834 15.188834 8.094547

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.403957 1.403957 1.247900
2021-06-14 17:00:00 3.179487 3.179487 1.200500
2021-06-13 17:00:00 0.717080 0.717080 1.223478
2021-06-12 17:00:00 0.806127 1.252348 1.234234
2021-06-11 17:00:00 1.024390 1.024390 1.319230
2021-06-10 17:00:00 0.698273 0.698273 1.401342
2021-06-09 17:00:00 1.436893 1.436893 1.484857

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 3.248335 3.248335 5.056887
2021-06-14 17:00:00 5.747532 5.747532 5.245434
2021-06-13 17:00:00 5.998033 5.998033 5.424152
2021-06-12 17:00:00 5.962367 5.962367 5.421621
2021-06-11 17:00:00 5.146089 5.146089 5.499223
2021-06-10 17:00:00 5.304445 5.304445 5.575949
2021-06-09 17:00:00 5.238173 5.238173 5.638889

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.093211 1.093211 2.215401
2021-06-14 17:00:00 4.057397 1.676206 2.295361
2021-06-13 17:00:00 2.583491 2.583491 2.384352
2021-06-12 17:00:00 3.087333 3.087333 2.431710
2021-06-11 17:00:00 2.511612 2.511612 2.455330
2021-06-10 17:00:00 2.843137 2.843137 2.515255
2021-06-09 17:00:00 2.219116 2.219116 2.557968

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 3.354633 3.354633 3.250935
2021-06-14 17:00:00 2.040816 0.698080 3.207218
2021-06-13 17:00:00 2.558140 2.558140 3.327921
2021-06-12 17:00:00 4.861111 4.861111 3.548773
2021-06-11 17:00:00 2.787456 2.787456 3.744321
2021-06-10 17:00:00 5.235602 5.235602 3.726785
2021-06-09 17:00:00 3.448276 3.448276 3.878542

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.840491 1.840491 2.205337
2021-06-14 17:00:00 5.128205 1.600000 2.302495
2021-06-13 17:00:00 0.645161 0.645161 2.474765
2021-06-12 17:00:00 1.600000 1.600000 2.618393
2021-06-11 17:00:00 2.797203 2.797203 2.802785
2021-06-10 17:00:00 6.666667 3.333333 2.938149
2021-06-09 17:00:00 3.278689 3.278689 3.199475

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-15 17:00:00 1.082504 5.006766 6.325376
2021-06-14 17:00:00 2.865762 11.613876 6.127814
2021-06-13 17:00:00 8.018433 8.018433 5.939974
2021-06-12 17:00:00 4.977712 4.977712 5.871473
2021-06-11 17:00:00 5.992218 5.992218 5.817784
2021-06-10 17:00:00 5.060380 5.060380 5.732456
2021-06-09 17:00:00 5.445117 5.445117 5.623099

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.401372 2.401372 2.432492
Basilicata 9.090909 9.090909 9.234951
Calabria 1.580247 1.580247 3.398417
Campania 18.085106 18.085106 3.889162
Emilia-Romagna 2.323330 5.566312 8.008745
Friuli Venezia Giulia 1.096892 1.096892 1.934034
Lazio 2.957393 2.957393 3.643883
Liguria 0.601504 0.601504 1.033905
Lombardia 1.528769 1.528769 1.947560
Marche 1.437556 1.437556 2.746463
Molise 2.673797 1.069519 0.946992
P.A. Bolzano 1.415094 1.415094 2.786744
P.A. Trento 1.258993 1.258993 2.060190
Piemonte 1.374633 1.374633 2.219137
Puglia 7.777266 7.777266 7.233906
Sardegna 1.403957 1.403957 1.247900
Sicilia 3.248335 3.248335 5.056887
Toscana 1.093211 1.093211 2.215401
Umbria 3.354633 3.354633 3.250935
Valle d'Aosta 1.840491 1.840491 2.205337
Veneto 1.082504 5.006766 6.325376

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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